Daniel Prokop se podílel se na desítkách volebních a politických výzkumů pro česká i slovenská média. Je spoluautorem některých inovativních výzkumných metodik – projektu volebních predikcí z průběžného sčítání hlasů, vizualizace dat z volebních výzkumů či analýzy vlivu televizních debat využitím elektronického měření sledovanosti.
Do roku 2018 působil v agentuře Median, kde se věnoval průzkumům veřejného mínění, od roku 2019 vede vlastní výzkumnou organizaci PAQ Research. Zaměřuje se zejména na témata chudoby a sociální nerovnosti v české společnosti, pravidelně vystupuje v médiích. Zároveň stále působí na své alma mater, Univerzitě Karlově, jako člen týmu zabývajícího se výzkumem chudoby a sociálního vyloučení.
Je autorem tří knih, z nichž největší ohlas získala publikace Slepé skvrny (2019), která analyzuje problémy a výzvy současné české i světové společnosti, jako jsou nerovné vzdělávání, chudoba či nárůst populismu a ohrožení demokracie.